Birinci derece imza yetkisine de sahip oldu. 16 Mart 2020 tarihinde şirketin genel müdürlüğüne atanan Hamdi Arpa'nın görevi Yönetim Kurulu Başkanvekili, İSKİ Genel Müdürü Şafak Başa'nın da Yönetim Kurulu Başkanı olması sonrasında Günaydın, İmamoğlu'nun danışmanlığını üstlendi. Hem İSYÖN hem de İstanbul Vakfı'ndaki her detaya tek başına hükmeden Günaydın, tam yetkili olarak İmamoğlu'nun tüm kritik kararlarında merkez isim haline geldi.
DARBE TOPLANTISINDA MODERATÖRLÜK YAPTIİmamoğlu'nun internete sızan "darbe" toplantısında da moderatör rolünü üstlenen Günaydın'ın kurultay öncesi delegeleri çekebilmek için belediyenin olanaklarını seferber etti. Geçmişte partinin yerel yönetimlerden sorumlu başkan yardımcılığı görevini de yürüten Günaydın, örgütleri yakından tanıması sebebiyle bu avantajını İmamoğlu lehine aktif şekilde kullandı. İmamoğlu'na yalnızca bilgi verip sunum yaptığı öne sürülen Günaydın, belediyedeki para akışının da 1 numaralı ismi olarak ön plana çıktı.
İstanbul Vakfı ve İSYÖN üzerindeki tam hakimiyetini koruyan Günaydın, 14 Mayıs'ta yapılan 28. Dönem Milletvekili seçimlerinde İmamoğlu kontenjanından İstanbul Milletvekili seçildi. Ancak İBB'deki saltanatından da vazgeçmedi. Günaydın, İBB iştiraki İSYÖN ve daha sonra üstlendiği danışmanlık vazifesi gereği kendisine tahsis edilen makam aracını milletvekili seçildikten sonra kuruma teslim etmediği ortaya çıktı.
TÜM MASRAFLAR İBB'DEN KARŞILANIYORGünaydın'ın Ankara'ya geçtikten sonra İBB'ye ait makam aracını kullanmaya devam ederken İBB iştiraki BİMTAŞ tarafından kiralanan Skoda Marka 34 ERB385 plakalı araçla Mürted (Akıncı) İstasyonu Anadolu Otoyolu (O4) 34 nolu istasyon çıkışında 163 kilometre hızla gittiği gerekçesiyle çevrilerek ceza kesildi. 951 TL ceza kesilen Günaydın'ın makam aracı olarak kullandığı İBB aracına ait tüm giderlerin de yine İBB tarafından karşılandığı öğrenildi. Bu kapsamda aracın bakım, ceza, kaza ve mazot giderlerinin İBB'nin şirketi tarafından finanse edildiği belirtildi. 
KURBAN BAĞIŞLARINI ARKADAŞINA PASLADIGünaydın, her sene İstanbul Vakfı'nın yürüttüğü kurban bağış kampanyasını İzmir'deki bir şirket eliyle hayata geçiriyor. İşin verildiği şirket, etlerin kesimi, soğutulması ve konservelere konulması gibi süreçleri yürütüyor. Şirket sahibinin, işbirliği çerçevesinde İmamoğlu ile fotoğrafları ve konuşmaları da belediyenin internet sitesinde yer alıyor. Yüzbinlerce konserve ve milyonlarca liraya eşdeğer olan iş akışı sayesinde şirketin hızla büyüdüğü öne sürüldü.
Şirket sahibi ile Günaydın'ın daha önceden de yakın ilişkilere sahip olduğu, işbirliğini sağlayan aracının ise Günaydın'ın bir başka arkadaşı olduğu iddia ediliyor. Söz konusu işe yönelik başka şirketlerin de ihaleye katılmak istediğini ve bunu İstanbul Vakfı'nın en yetkili isimlerinden birine aktardığını belirten CHP'li bir siyasi, "Bu talebi kendilerine ilettim. 'Biz bir şey yapamıyoruz. Tüm işlere Gökhan Bey karar veriyor' şeklinde yanıt aldım. İşin boyutu vahim" ifadelerini kullandı.İMAMOĞLU AİLESİNİN HAFIZASI KONUMUNDAKurultay sürecine yönelik olarak İmamoğlu'nun siyasal hazırlıklarından sorumlu olan Günaydın, İmamoğlu ailesine yakınlığı ile de dikkat çekiyor. Hem Ekrem İmamoğlu'nun hem de babasının avukatlığını senelerdir yürüten Günaydın, aileye ait olan Edremit'teki tüm taşınmazların dava ve işlemlerine bakıyor.
Kurultay çalışmaları kapsamında örgütlere yönelik finansman faaliyetlerini yürüttüğü öğrenilen Günaydın'ın, delegelerle de sık sık telefon görüşmesi yaparak 'değişim' hareketine destek topladığı da ortaya çıkmıştı.
SEKRETERİ SEMPATİZAN ÇIKMIŞTIGökhan Günaydın'ın İSYÖN'e özel olarak getirttiği sekreteri Eda Ezgi Yıldız'ın terör örgütü DHKP-C'yi destekleyen paylaşımları da ortaya çıkmıştı. Yıldız, İstanbul Cumhuriyet Savcısı Mehmet Selim Kiraz'ın 31 Mart 2015 tarihinde makam odasında şehit edilmeden önce DHKP-C'li teröristler tarafından alıkonulduğu anın görüntüsünü sosyal medya hesabından paylaşmış ve "Adalet, adalet sarayında böyle sağlanır" şeklinde teröristleri destekleyen alçak ifadeler kullanmıştı..
